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2014 年12月17日，《自然》杂志发表中国增刊,对2014年在68个自然科学期刊上的中国论文发表情况进行分析。 华大基因名列中国科研机构第48，在生命科学领域则名列第15名。在《自然》和《科学》的发表指数排名中，华大基因位列第五名。

此外，增刊发表专题文章评价深圳科研实力。以下为原文：

深圳从一个曾经的小渔村发展成为中国科技发展的奇迹，成为了基因组学，蛋白质组学和生物信息分析领域的领头羊。

过去，深圳最出名的是由廉价的劳动力生产出来的山寨货。如今，这个城市被重新定位为世界领先的遗传学研究中心。其中总部位于深圳的基因测序机构华大基因，数据产出占全球50%。2013年，华大基因成功收购了其竞争对手-美国Complete Genomics公司，进一步巩固了其在组学领域的领导地位。

而华大基因的成功只是深圳改革历程的一个方面。2011年，深圳发布了第十二个五年计划，以支持六大战略新型行业的研究和创新：生物技术，互联网，新能源，高新材料，文化创意和信息技术。该计划的目标是到2015年，六大产业的总产值达490亿美元，即相当于深圳GDP的20%。

目前，生命科学仍是深圳研究优势的主导领域。深圳在化学领域中的产出有所提高，虽然自然指数显示该领域的“加权分值计数法”指数(简称WFC)仍低于全国平均水平的15%。

华大基因是深圳贡献最大的机构，共发表了51篇自然指数文章，占了深圳WFC指数的44%。其中发表在《自然》和《科学》杂志上的七篇文章已占了产出的12%。是中国科研机构中，《自然》和《科学》文章在WFC指数占比排名第二高的机构，第一为中科院古脊椎动物和古人类研究所。

华大基因院长王俊主导发表了大部分文章。去年，他发表了35篇文章(WFC=11.7)，最值得关注的有小麦，蝙蝠和鸽子基因组。其中发表在《科学》杂志的蝙蝠文章“Comparative analysis of bat genomes provides insight into the evolution of flight and immunity”被评为2013年中国最具影响力的文章之一。另两位主要贡献者为徐讯和张国捷，他们各发表了三篇文章。徐讯的三篇文章(WFC=1)为绵羊，梨和野生水稻基因组;张国捷的三篇文章(WFC=0.9)为中华鳖，绿海龟基因组和一篇比较现代家养马与史前马基因组的文章。

深圳的其他产出主要来自于深圳先进院和深圳大学，WFC指数分别为32%和14%。自然指数显示，深圳先进院的所有产出均来自化学领域。该中科院机构发表了13篇文章(WFC=11.4)，占了全市化学WFC指数的2/3以上。大部分文章由分析化学家张春阳领导完成，他去年贡献了十篇文章(WFC=9.5)，基于检测转录因子、酶和microRNAs的工具-量子点和联合检测扩增。

成立于31年前的深圳大学是深圳物理科学的领先机构。2013年，深圳大学在这些领域发表了7篇文章(WFC=3)，且主要发表在《应用物理快报》。袁小聪是深圳大学最大的贡献者，发表了三篇光镊子文章(WFC=0.7)。他表示，我们是首个使用聚焦表面等离激元来捕获金属粒子的。该实验对增强拉曼光谱有重要作用，拉曼光谱是广泛应用于化学和固体物理学的表面成像技术。

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