Mpbio与Mo Bio土壤基因组DNA提取试剂盒产品比较

产品描述

FASTDNA®SPIN KIT FOR SOIL（品牌：Mpbio，Cat#：6560200，以下简写FastDNA®）

UltraClean®Soil DNA Isolation Kit（品牌：Mo Bio，Cat#：12800，以下简写UltraClean®）

Qustion 1：

试剂盒的工作原理

Response 1：两个试剂盒都是由两部分组成，一部分是样品处理阶段，重在细胞裂解效果；第二部分就是DNA纯化，重在纯化和回收效率。试剂盒内的组成成分目的和功能差不多相同，但在处理效果上会差异。

FastDNA®：

Lysing Matrix E tube（含裂解基质裂解细胞）

Sodium Phosphate Buffer，MT Buffer（防核酸降解，溶解核酸和蛋白。确保DNA尽量免受RNA污染）

PPS Solution（蛋白沉淀溶液，去除蛋白污染）

Binding Matrix（DNA结合溶液，促进DNA与硅胶结合）

SPIN Modules，Catch Tubes基于硅石的Geneclean离心纯化柱，确保DNA的快速洗脱、高纯度）

Concentrated SEWS-M（溶解和清洗DNA）

DES（无DNase、热原质水，确保DNA无降解及无外来热原质污染）

BBS Gel Loading Dye（基因组DNA上样缓冲液）

UltraClean®：

Bead Solution Tubes（含裂解基质裂解细胞）

Solution S1（含SDS，辅助分解膜上的脂肪酸和脂质）

IRS Solution（用于沉淀腐植酸和其他PCR抑制因子）

Solution S2（含蛋白沉淀试剂，去除蛋白污染）

Solution S3（DNA结合盐溶液）

Solution S4（清洗DNA，除盐、腐植酸或其他残留污物）

Solution S5（溶解DNA并促离心洗脱）

Spin Filter Units in 2 ml Tubes，2 ml Collection Tubes

（基于硅膜的离心纯化柱）

Qustion 2：

可处理样本？

Response 2：两个试剂盒的应用范围都很广，可用于各种土样或粪便中的基因组DNA提取。但FastDNA®相对更广，它已经成功应用于海底沉积物、废水、雪水等环境样品中基因组DNA的提取。

可见参考文献：

Snow sample —Takahiro Segawa et al. (2005). Appl. Envir. Microbiol., Vol 71: 123 - 130.

Sediment —Tracy J. Mincer et al. (2005). Appl. Envir. Microbiol., Vol 71: 7019 - 7028.

Qustion 3：

细胞裂解方式及配合使用仪器？

Response 3：两个试剂盒裂解细胞的方式有所差异，这很大程度影响了基因组DNA提取量及片段的完整性。

FastDNA®：

（1）裂解介质是含3种尺寸的颗粒：1.4 mm陶瓷，0.1 mm的硅颗粒，4 mm的玻璃珠混合物，可控的基质颗粒尺寸和数量，保证实验的可重复性；且不同尺寸保证样品的充分接触及受力；

（2）配合FastPrep instrument（Mpbio专有仪器）使用，“8字型”运动方式使得样品40 s内即可得到充分裂解；更换适配器，可同时处理1—96个样品。

（3）配合漩涡混匀器或震荡仪，借助于振动和涡旋式冲击的混合力裂解细胞，一般作用2～5 min可充分裂解；可同时处理多个样品。处理方式相对FastPrep仪器温和，DNA的完整性相对高些。

UltraClean®：

（1）裂解基质是单一玻璃珠；

（2）配合漩涡混匀器使用，借助于涡旋式冲击和振动裂解细胞，处理方式相对温和。更换特定的适配器，可同时处理1-96个样品。样品一般要处理10min左右，相对轻柔的作用力，可得到较大分子量的DNA，但裂解效果相对差于FastDNA®。

Qustion 4：

DNA提取含量及完整性？

Response 4：FastDNA®提取的基因组DNA效率高于UltraClean®，一般同一样品浓度高3-5倍左右；

参考文献：fecal specimens —Merlin W Ariefdjohanet al. (2010).Nutrition Journal., Vol 9: 23

Sediment —Gordon Webster et al. (2003). Journal of Microbiological Methods 55:155-164.

         FastDNA®配合FastPrep仪器使用DNA的完整性会相对差于UltraClean®。前者的DNA片段为4-20kb，后者的DNA片段最高达50kb。若不与FastPrep仪器配合使用，DNA的完整性会明显得到提高，DNA提取率仍高于UltraClean®。

Qustion 5：

是否适合高腐殖质样品的处理？

Response 5：两个试剂盒都有针对高腐殖土样的特殊处理试剂，从而确保基因组DNA提取不受困扰。（因为腐殖质是土样中普遍存在的成分，也是干扰DNA和RNA提起的重要因素之一）。

FastDNA®针对高腐殖质的土样会提供一个特殊的protocol。只需多配制5.5M硫氰酸胍溶液即可保证DNA的高提取效率。Humic Acid Removal in SoilKit（厦门泰京）.pdf

UltraClean®含有IRS Solution（Mobio专利技术）用来沉淀腐殖酸和一些PCR干扰因子。

Qustion 6：

DNA的纯化方式和纯度如何？

Response 6：两个试剂盒的纯化机制比较类似，都是基于硅膜的离心纯化柱纯化方式，此纯化方式可以有效去除部分腐植酸、盐和一些残留污染物，得到的DNA都有较高的纯度。

Qustion7：

样品起始量及整个工作时间？

Response 7：

FastDNA®一般只需500mg的样品即可达到需要的DNA；

整个提取过程≤30 min

Response 7：

UltraClean®样品的起始量为0.25-1.0gram；

整个提取