例如，慢病毒传递系统的一个常见用途是插入短的发夹RNAs (shRNA)，用于RNAi介导的基因敲除。

shRNA首先被包装成慢病毒载体，然后转染HEK293细胞。转染的细胞孵育约3天，此间慢病毒复制和产生慢病毒颗粒，然后收获，评价滴度，再转化目标细胞。

维持细胞的良好状态是必要的。HEK293细胞生长迅速，胰蛋白酶化速度快，所以不要在胰蛋白酶中长时间孵育，否则可能会有大量细胞死亡。

解冻后的细胞应至少传代两次，然后接种进行转导实验。并且要非常轻柔地处理，因为细胞很容易分离。

在转染实验中，HEK293细胞接种于约5*10^6细胞/10cm培养皿中，接种后次日细胞约40-50%融合。

在实验的包装部分使用无血清培养基是非常重要的。无血清培养基促进DNA与阳离子脂质体复合物的形成，提高转染效率。

有了转染复合物，含shRNA、包装质粒和脂质体，就可以进行包装了。倾斜带有HEK293细胞的培养皿，将转染混合物逐渐加入收集的培养基中。

在添加转染混合物时要谨慎，温柔操作。一旦加入溶液，小心地旋转平板，使培养基混合，将转染混合物均匀地分配到细胞上。在无血清培养基中培养5-8小时。

孵育后，轻轻抽吸培养基(这将包含没有转染HEK293细胞的含有质粒的脂质体)，并在培养皿的一侧加入10 ml完全培养基，这样细胞就不会分离。HEK293细胞将shRNA包裹成病毒颗粒并释放到培养基中。 

此时，培养基中会充满病毒颗粒，因此在搬运时应穿戴适当的防护用品。

48小时后收集培养基(病毒颗粒)，将10 ml新鲜的完全培养基加入同一培养皿中。72小时后再次收集培养基，与48小时收集的结合。

通过0.45微米的过滤器对收集到的混合培养基进行消毒，以允许病毒通过。冻融循环会降低病毒的效力，所以最好进行分装。

病毒可以在4℃下保存一到两个月，长期保存在-20℃。经常使用漂白剂处理在病毒产生过程中使用的吸管头和平板。

 

 病毒进入细胞

通常，测定病毒的效价非常重要，方便确定实验浓度。一个良好的敲除，至少50%的细胞转导病毒。用适当的分析方法检查细胞是否定点敲除，通常涉及到Western Blot。

1.使用相同比例的病毒和细胞获得50%的转导。在一个15ml的试管中，用5ml的完全培养基重悬约200万个细胞（10cm培养皿的四分之一）。

 

 

在同一试管中，加入2.5ml病毒和15ug/ml的聚凝胺。聚凝胺通过中和病毒颗粒和细胞膜之间的电荷来提高转导效率。

 

 

 

2.轻轻混匀，将细胞放入一个10cm的新培养皿中。24小时后，换到没有病毒的新鲜完全培养基中。

 

 

如果shRNA构建物含有荧光标记物，可以检测转染48小时后检测是否整合成功；如果没有，继续进行抗生素选择48小时。