01、什么是qPCR

定量聚合酶链式反应（qPCR），作为分子生物学领域的一项革命性技术，凭借其高精确度和准确性，已对生物医学研究产生了深远的影响。

作为经典PCR技术的的高级形式，qPCR，也被称为实时荧光定量PCR，利用了新合成DNA链中特定染料的荧光信号增强，或是针对特定DNA序列的探针释放的荧光片段，来监测DNA的互补过程。这一技术的核心优势在于，它能将DNA的检测与扩增过程相结合，即时为科研人员提供重要的数据信息。

qPCR和传统PCR的基本操作原理相似，即通过DNA聚合酶催化DNA的补充，将新的标记序列添加到短的单链DNA片段上，即引物的3'-OH断裂。以这一系列反应在配备有荧光检测系统的专用热循环仪中进行。通过测量荧光信号强度，将其与预设的阈值或标准曲线相比较，从而实现DNA含量相对或绝对定量分析。

02、qPCR应用领域

qPCR凭借其实时监测、高灵敏度与特异性，能够实现对遗传物质极为精准的测量，并在多个领域中具有不可估量的应用价值。

1. 基因表达谱分析：qPCR技术能够定量特定基因在不同条件下的表达水平，为揭示基因功能、调控机制及疾病发生发展过程中的基因表达变化提供依据。

2. 病原体检测：qPCR能够快速、准确地检测出微量的病原体DNA或RNA，为疾病的早期诊断、疫情监控及治疗效果评估提供支持。

3. 遗传变异研究：利用qPCR技术，科研人员能够检测并分析遗传序列中的单核苷酸多态性（SNP）、插入/缺失变异等遗传变异，为遗传病筛查、个性化医疗及药物研发等领域的研究提供信息。

4. 环境监测：qPCR能够高效检测水体、土壤及空气中微生物群落的变化，评估环境质量，监测污染源的生态影响，为环境保护和治理提供依据。

5. 临床诊断：qPCR已成为多种疾病诊断、预后评估及治疗效果监测的重要手段。通过检测患者体内特定基因或病原体的表达水平，医生能够制定更加精准的治疗方案。

03、qPCR 的工作原理

qPCR反应的核心开始于一个混合体系，该体系包含了DNA聚合酶、脱氧核苷酸三磷酸酯（dNTPs，作为DNA合成的原料）、特定设计的引物（用于识别并启动DNA链的延伸）、荧光染料或报告探针（用于实时监测DNA扩增过程），以及待检测的模板DNA。

04、qPCR 的关键步骤

变性阶段：在高温条件下（常规设定为94°C至98°C之间），双链DNA解开成单链DNA。

退火阶段：在温度稍低的环境中（大约50°C至70°C之间），使设计的引物与模板DNA中的目标区域相结合，形成引物-模板DNA复合物。

延伸阶段：在DNA聚合酶的催化作用下，温度调至酶活性的范围（通常在68°C至72°C之间），酶沿着引物结合的起点，以模板DNA为模板，逐个添加核苷酸，产生两条互补的 DNA 链，形成双链DNA。

定量完成阶段：在每一轮DNA补充时，通过荧光计测量并记录这些荧光信号，以做定量分析。

05、qPCR 检测方法

常见的qPCR检测方法包括DNA插层染料、水解探针、分子信标和LNA探针。

06、qPCR的引物设计注意事项

引物的设计长度推荐在15至30个碱基对之间，这样有助于70至200个碱基对的目标序列进行高效互补。

为确保PCR反应的顺利进行，所选用的正向和反向引物应具有相近的熔解温度（Tm），理想范围设定在60°C至65°C之间。

引物的3'端应充足GC，可以提升引物与模板DNA结合的效率和提高熔解温度。引物的GC含量应控制在40%至60%之间，以达到最佳的扩增梯度、稳定性和扩增效率。

退火温度通常建议比引物的Tm值低约5°C，这样做是为了减少非极化的可能性。

07、qPCR常见问题及解决方法

问题1.qPCR 扩增效率低

问题原因：

试剂与反应体系因素：如试剂降解、过期或保存不当导致的活性降低。或者加液量不足或成分比例不当而导致效率低。

引物与标记设计问题：引物和荧光标记（或探针）的设计存在缺陷。包括引物与模板DNA的结合力不够强、引物间形成二聚体、产物长度过长以及未能充分优化反应条件。

解决方法：

保证所有qPCR试剂质量良好，严格按照说明书储存和使用。确保加液量准确无误，以减少操作误差。

利用文献资源或专业设计软件重新设计引物和标记。以确保产物长度控制在80到150碱基对之间，同时，根据引物的特性调整和优化PCR反应条件。

  问题2：结果出现假阳性现象

问题原因：

试剂与反应体系因素：可能试剂或模板受到污染，此外，反应体系中镁离子浓度过高或引物浓度过高等原因导致，也可能产生假阳性。

设计问题：引物设计存在缺陷，不恰当的引物序列可能导致引物间形成二聚体或发夹结构，影响PCR后续的反应的进行，最终表现为假阳性结果。

解决方法：

严格遵守实验室操作规程，人群小心操作试剂或模板的污染。

一旦发现污染情况，应立即排查并处理，必要时更换受污染的试剂或者模板。

在引物设计完成后，用专业的软件进行验证，确保避免引物之间的二聚体和发夹结构的形成。

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