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土壤微生物分子生态技术服务
1. 土壤理化性质测定
测定土壤全量和有效C、N、P、K等土壤营养元素含量。
2. 荧光底物土壤酶活性测定
按(Saiya-Cork et al. 2002) 的方法,采用荧光底物测定土壤中Urease,Acid phosphatase,β-glucosidase,α-glucosidase,Cellobiohydrolase,β-xylosidase等酶活性。
3. PLFA群落分析
采用美国MIDI公司的Sherlock群落分析软件研究土壤微生物群落的PLFA指纹图谱。分析土壤微生物群落结构,进行PCA和RDA等多变量分析,建立与土壤性质和功能的联系。
4. 变性梯度凝胶电泳(DGGE)
按(Muyzer et al. 1993)的原理,制作细菌(16S)、真菌(18S、ITS)、氨氧化细菌和古菌(amoA)、甲烷氧化菌(pmoA)等土壤微生物的变性梯度电泳图,分析土壤微生物群落结构,进行PCA和RDA等多变量分析,建立与土壤性质和功能的联系。
5. 末端限制性片段长度多态性(T-RFLP)
按(Liu et al. 1997)的原理,分析细菌(16S)、真菌(18S、ITS)、氨氧化细菌和古菌(amoA)、甲烷氧化菌(pmoA)等土壤微生物的酶切片段多态性,分析群落结构,进行PCA和RDA等多变量分析,建立与土壤性质和功能的联系。
6. 实时荧光定量pcr(Real-time PCR)
7. 稳定同位素探针技术(SIP)
按(Neufeld et al. 2007)的方法,研究同化13C-或15N-底物(如13C-glucose,15N-Urea等)的活性功能微生物。
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参考文献
1. Liu W T, Marsh T L, Cheng H and Forney L J 1997 Characterization of microbial diversity by determining terminal restriction fragment length polymorphisms of genes encoding 16S rRNA. Applied and environmental microbiology 63, 4516-4522.
2. Muyzer G, De Waal E C and Uitterlinden A G 1993 Profiling of complex microbial populations by denaturing gradient gel electrophoresis analysis of polymerase chain reaction-amplified genes coding for 16S rRNA. Applied and environmental microbiology 59, 695-700.
3. Neufeld J D, Vohra J, Dumont M G, Lueders T, Manefield M, Friedrich M W and Murrell J C 2007 DNA stable-isotope probing. Nature protocols 2, 860-866.
4. Saiya-Cork K R, Sinsabaugh R L and Zak D R 2002 The effects of long term nitrogen deposition on extracellular enzyme activity in an Acer saccharum forest soil. Soil Biology and Biochemistry 34, 1309-1315.
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