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土壤DNA提取试剂盒的比较

作者:admin 来源:本站 发布时间: 2014-09-17 21:35  浏览次数:
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土壤DNA提取试剂盒  网址链接http://www.bitebo.com/a/gb2312/yiqi/MP%20Bio/2012/0802/4857.html

 

  
Mpbio公司的FastDNA® Spin Kit for Soil是全世界公认的土壤基因组DNA提取的“黄金品牌”,可高效裂解土壤中的所有生物包括G+ 细菌、酵母菌、真菌、藻类、线虫甚至真细菌的孢子、芽孢,从而获得高产的基因组DNA。另外它已成功应用于其他环境样品中的DNA提取,如海洋沉积物、排泄物、废水、雪水等。您只需用500mg的样品开始实验,在30min-60min内即可得到足够的纯化DNA用于PCR、限制性酶切、电泳及其他下游实验。
²         应用广泛适用于不同类型土壤(如粘土、沃土、陶土、沙质土)及其他环境样品(如海洋沉积物、
废水、雪水、排泄物)中基因组DNA的提取;
²         不受腐殖质干扰:同样适用于含高腐殖酸的土壤,只需配制简单的硫氰酸胍,稍改protocol,即可
得高产高纯目的基因组DNA;
²         灵活应用、快速高效:可配合FastPrep®仪器使用,40s裂解细胞,30min完成基因组DNA提取;亦
可配合漩涡混匀器或震荡仪使用,60min内即可获得足够量的基因组DNA;
²         纯度高:基于硅吸附DNA原理的GENECLEAN®纯化柱,保证基因组DNA的高纯度,并直接用于PCR扩增、
电泳、酶切及其他下游实验;
² 无毒无害:不含有毒有害的试剂成分。
如果您第一次开始土壤微生物多样性研究,请用FastDNA® Spin Kit for Soil,几千篇文献的技术支持,绝不让您失望;
如果您为样品珍贵且样品中基因组量而烦恼,请用FastDNA® Spin Kit for Soil高效、高重复性是对您的信任的最佳回报;
如果您是Epicentre试剂盒的使用者,请用FastDNA® Spin Kit for Soil,无论多脏、多复杂的土壤,都能完美应付;
如果您是Mo Bio试剂盒的使用者,请用FastDNA® Spin Kit for Soil,您会发现没有最好,只有更好
那让我们来看看Mpbio的FastDNA® Spin Kit for Soil好在哪里?
Mpbio 与Mo Bio土壤基因组DNA提取试剂盒产品比较
产品描述
FASTDNA® SPIN KIT FOR SOIL(品牌:Mpbio,Cat#:6560200,以下简写FastDNA®
UltraClean® Soil DNA Isolation Kit (品牌:Mo Bio,Cat#:12800,以下简写UltraClean®
 
 
试剂盒的工作原理
Response 1两个试剂盒都是由两部分组成,一部分是样品处理阶段,重在细胞裂解效果;第二部分就是DNA纯化,重在纯化和回收效率。试剂盒内的组成成分目的和功能差不多相同,但在处理效果上会差异。
Lysing Matrix E tube (含裂解基质裂解细胞)
Sodium Phosphate Buffer,MT Buffer(防核酸降解,溶解核酸和蛋白。确保DNA尽量免受RNA污染)
PPS Solution(蛋白沉淀溶液,去除蛋白污染)
Binding Matrix (DNA结合溶液,促进DNA与硅胶结合)
SPIN Modules,Catch Tubes 基于硅石的Geneclean离心纯化柱,确保DNA的快速洗脱、高纯度)
Concentrated SEWS-M(溶解和清洗DNA)
DES (无DNase、热原质水,确保DNA无降解及无外来热原质污染)
BBS Gel Loading Dye(基因组DNA上样缓冲液)
Bead Solution Tubes含裂解基质裂解细胞)
Solution S1(含SDS,辅助分解膜上的脂肪酸和脂质)
IRS Solution(用于沉淀腐植酸和其他PCR抑制因子)
Solution S2(含蛋白沉淀试剂,去除蛋白污染)
Solution S3(DNA结合盐溶液)
Solution S4(清洗DNA,除盐、腐植酸或其他残留污物)
Solution S5(溶解DNA并促离心洗脱)
Spin Filter Units in 2 ml Tubes,2 ml Collection Tubes
(基于硅膜的离心纯化柱)
 
可处理样本?
Response 2两个试剂盒的应用范围都很广,可用于各种土样或粪便中的基因组DNA提取。但FastDNA®相对更广,它已经成功应用于海底沉积物、废水、雪水等环境样品中基因组DNA的提取。
可见参考文献:
Sediment —Tracy J. Mincer et al. (2005). Appl. Envir. Microbiol., Vol 71: 7019 - 7028.
细胞裂解方式及配合使用仪器?
Response 3两个试剂盒裂解细胞的方式有所差异,这很大程度影响了基因组DNA提取量及片段的完整性。
(1)裂解介质是含3种尺寸的颗粒:1.4 mm陶瓷,0.1 mm的硅颗粒,4 mm的玻璃珠混合物,可控的基质颗粒尺寸和数量,保证实验的可重复性;且不同尺寸保证样品的充分接触及受力;
(2)配合FastPrep instrument(Mpbio专有仪器)使用,“8字型”运动方式使得样品40 s内即可得到充分裂解;更换适配器,可同时处理1—96个样品。
(3)配合漩涡混匀器或震荡仪,借助于振动和涡旋式冲击的混合力裂解细胞,一般作用2~5 min可充分裂解;可同时处理多个样品。处理方式相对FastPrep仪器温和,DNA的完整性相对高些。
UltraClean®
(1)裂解基质是单一玻璃珠;
(2)配合漩涡混匀器使用,借助于涡旋式冲击和振动裂解细胞,处理方式相对温和。更换特定的适配器,可同时处理1-96个样品。样品一般要处理10min左右,相对轻柔的作用力,可得到较大分子量的DNA,但裂解效果相对差于FastDNA®
 
DNA提取含量及完整性
Response 4 FastDNA®提取的基因组DNA效率高于UltraClean®,一般同一样品浓度高3-5倍左右;
参考文献:fecal specimens — Merlin W Ariefdjohan et al. (2010).Nutrition Journal., Vol 9: 23
Sediment — Gordon Webster et al. (2003). Journal of Microbiological Methods 55:155-164.
          FastDNA®配合FastPrep仪器使用DNA的完整性会相对差于UltraClean®。前者的DNA片段为4-20kb,后者的DNA片段最高达50kb。若不与FastPrep仪器配合使用,DNA的完整性会明显得到提高,DNA提取率仍高于UltraClean®
是否适合高腐殖质样品的处理?
Response 5两个试剂盒都有针对高腐殖土样的特殊处理试剂,从而确保基因组DNA提取不受困扰。(因为腐殖质是土样中普遍存在的成分,也是干扰DNA和RNA提起的重要因素之一)。
FastDNA®针对高腐殖质的土样会提供一个特殊的protocol。只需多配制5.5M硫氰酸胍溶液即可保证DNA的高提取效率。
UltraClean®含有IRS Solution(Mobio技术)用来沉淀腐殖酸和一些PCR干扰因子。
 
Qustion 6
DNA的纯化方式和纯度如何?
Response 6两个试剂盒的纯化机制比较类似,都是基于硅膜的离心纯化柱纯化方式,此纯化方式可以有效去除部分腐植酸、盐和一些残留污染物,得到的DNA都有较高的纯度。
样品起始量及整个工作时间?
FastDNA®一般只需500mg的样品即可达到需要的DNA;
Response 7
UltraClean®样品的起始量为0.25-1.0 gram;
整个提取过程30 min
 

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